La plus grande étude de microbiome pèse sur notre santé intestinale

Les premiers résultats de la plus grande étude jamais réalisée sur le microbiome humain sont en cours. Ils ont des implications importantes pour nos pratiques alimentaires, la résistance aux antibiotiques et notre santé mentale.

femme avec des légumes planant devant son ventre

En 2012, Rob Knight, Ph.D., de l’Université de Californie (UC), San Diego, Jeff Leach, Ph.D., le fondateur du Human Food Project, et Jack Gilbert, Ph.D., qui est le directeur de faculté du centre de microbiome à l’université de Chicago dans l’Illinois, a entrepris de fonder le projet américain de tuyau.

Le but du projet était d’en apprendre plus sur le microbiome humain – c’est-à-dire la collection de gènes qui codent pour tous nos microbes.

Plus précisément, les chercheurs voulaient savoir combien de types de bactéries vivent dans notre corps et où, et comment notre régime alimentaire et notre style de vie affectent la composition de ces microbes.

À cette fin, ils ont utilisé la soi-disant science citoyenne – la pratique dans laquelle le public contribue à la recherche en offrant son temps et ses données personnelles pour analyse.

Les premiers résultats du projet sont maintenant disponibles, et ils offrent des indices sur ce qui maintient nos entrailles saines et bactériennes. Les résultats ont été publiés dans le journal.

Des scientifiques citoyens aident à étudier le microbiome

Dans le cadre du projet, les participants ont payé 99 $ pour une trousse qui recueillait des échantillons de bactéries, fécaux, buccaux et cutanés.

Ils ont également dû répondre à une enquête portant sur leur état de santé général et sur les maladies qu’ils auraient pu avoir, leur mode de vie et leurs habitudes alimentaires.

En 2015, le projet a compté 15 096 échantillons fournis par 11 336 personnes aux États-Unis, au Royaume-Uni, en Australie et dans 42 autres pays.

Les chercheurs ont ensuite utilisé le séquençage génomique pour analyser un marqueur génétique appelé ARNr 16S, une molécule unique aux bactéries.

Ils ont également étudié l’ensemble des métabolites dans les échantillons, afin d’analyser d’autres molécules et composés chimiques qui pourraient être présents.

Enfin, les scientifiques ont utilisé une méthode appelée métagénomique de fusil de chasse – qui est une méthode innovante et puissante de séquençage de l’ADN – pour analyser de manière exhaustive les données génétiques.

L’importance d’une alimentation diversifiée à base de plantes

Tout d’abord, les résultats suggèrent qu’une alimentation végétale plus diversifiée rend l’intestin plus diversifié sur le plan bactériologique.

Plus précisément, ceux qui consommaient plus de 30 types différents de plantes chaque semaine avaient des microbiomes beaucoup plus diversifiés que ceux qui consommaient seulement 10 types de plantes ou moins par semaine.

Cependant, les chercheurs notent que ces résultats ne signifient pas nécessairement que l’augmentation de la diversité microbienne est une chose positive pour la santé de quelqu’un.

Deuxièmement, les participants qui ont déclaré manger plus de 30 types de plantes par semaine semblaient avoir une plus faible résistance aux antibiotiques.

Les chercheurs ont trouvé moins de gènes indiquant la résistance aux antibiotiques dans les échantillons fécaux de ces personnes – c’est-à-dire moins de gènes qui aident les bactéries à échapper aux médicaments.

Alors que l’étude est purement observationnelle et ne peut rien conclure sur la causalité, les auteurs supposent que les personnes dont le régime alimentaire contient moins de plantes pourraient compenser en mangeant de la viande – qui peut avoir été traitée avec des antibiotiques – ou des aliments transformés auxquels des antibiotiques ont été ajoutés. .

Bactéries intestinales et santé mentale

Enfin, l’étude a révélé des liens intéressants entre la composition de la bactérie de l’intestin et la maladie mentale.

Ceux qui ont déclaré vivre avec un trouble de stress post-traumatique (SSPT), une schizophrénie, une dépression ou un trouble bipolaire ont été comparés à des témoins sains qui avaient été jumelés selon l’âge, le sexe et l’indice de masse corporelle (IMC).

Les résultats ont démontré que les personnes ayant déclaré des problèmes de santé mentale avaient plus de bactéries en commun avec d’autres personnes ayant signalé des problèmes similaires qu’avec les témoins.

Cette association était forte indépendamment du sexe, de l’âge ou de la situation géographique. En outre, la recherche suggère que certains types de bactéries peuvent être plus fréquents chez les personnes qui vivent avec la dépression.

Ces résultats renforcent le lien établi entre la santé mentale et les bactéries intestinales par des recherches antérieures.

Par exemple, une étude récente a mis en évidence un lien entre l’anxiété et l’absence de certains microbes intestinaux sains. Un autre a constaté que certaines bactéries sont altérées chez les personnes atteintes du SSPT.

Vers un «microbiome GPS»

Daniel McDonald, Ph.D., directeur scientifique de l’American Gut Project à l’École de médecine de l’Université San Diego à San Diego, souligne l’importance des résultats. Il dit:

« Nous avons observé une diversité microbienne beaucoup plus grande que les études précédentes plus petites trouvées, et cela suggère que si nous regardons plus de populations, nous verrons plus de diversité, ce qui est important pour définir les limites du microbiome humain. »

Knight partage le même sentiment: «Le microbiome humain est complexe, mais plus nous aurons d’échantillons, plus tôt nous serons en mesure de comprendre les nombreuses façons dont le microbiome est associé à divers états de santé et de maladie.

« L’American Gut Project est dynamique, avec des échantillons provenant du monde entier chaque jour », ajoute Knight.

« L’analyse présentée dans ce document représente un instantané unique, mais nous voulons finalement aller au-delà de la cartographie du microbiome pour créer un microbiome GPS qui vous indique non seulement où vous êtes sur cette carte, mais où vous voulez aller et quoi faire pour y arriver en termes de régime, de style de vie ou de médicaments. « 

Rob Knight, Ph.D.

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