Autisme, inflammation et microbiote intestinal

Les troubles du spectre de l’autisme (TSA) ne sont pas, en l’état des données, le produit d’une inflammation intestinale démontrée à l’échelle de la population. Les symptômes digestifs y sont toutefois nettement plus fréquents qu’en l’absence de TSA, et la composition du microbiote intestinal (l’ensemble des bactéries, virus et autres micro-organismes du tube digestif) diffère souvent, sans qu’on puisse encore dire si ces écarts causent l’autisme, en découlent, ou les deux.

Une méta-analyse de 2024 sur la calprotectine fécale, marqueur d’inflammation de la paroi intestinale, n’a pas trouvé de différence significative entre 508 enfants autistes et 397 enfants non autistes. L’image d’un intestin « poreux » qui ferait naître l’autisme reste donc une hypothèse, pas un mécanisme établi pour tous les enfants.

Environ 55 % des enfants autistes ont au moins un symptôme digestif, la constipation étant le plus souvent rapportée (37 %). Six essais randomisés réunissant 302 enfants n’ont pas montré d’amélioration des scores d’autisme sous probiotiques, alors que les scores digestifs peuvent un peu diminuer. Au Royaume-Uni, NICE a ajouté en 2021 l’évaluation de l’alimentation restreinte et de la croissance, plutôt qu’une thérapie du microbiote.

Troubles digestifs associés à l’autisme

Les enfants autistes ont plus souvent des symptômes digestifs que les enfants au développement typique, d’après des synthèses de questionnaires parentaux. Cela ne signifie pas qu’un TSA « vient de l’intestin », ni que chaque enfant autiste a une maladie digestive organique.

La méta-analyse de Gan et coll., parue en 2023 dans Frontiers in Pediatrics, a regroupé 25 études et 4 720 enfants autistes. Le risque d’avoir au moins un symptôme digestif y était multiplié par 3,64 par rapport aux enfants au développement typique, et la prévalence cumulée atteignait 55 %. Une méta-analyse plus ancienne, publiée en 2014 dans Pediatrics par McElhanon et coll., trouvait un rapport de cotes de 4,42 pour les plaintes digestives générales. Les deux travaux soulignent une hétérogénéité élevée des méthodes, ce qui explique des fourchettes très larges d’une étude à l’autre.

Dans la synthèse de 2023, les fréquences les plus souvent citées étaient les suivantes.

• La constipation concernait 37 % des enfants autistes inclus dans les questionnaires.
• Les douleurs abdominales étaient rapportées chez 21 % des enfants, la diarrhée chez 19 %.
• Les ballonnements atteignaient 23 % des cas, et les vomissements 8 %.

Une étude cas-témoins de la cohorte californienne CHARGE, menée par Chaidez, Hansen et Hertz-Picciotto sur 960 enfants, avait trouvé un rapport de cotes ajusté de 7,92 pour au moins un symptôme digestif fréquent. Après prise en compte des médicaments, les parents d’enfants autistes signalaient environ six à huit fois plus souvent des ballonnements, une constipation, une diarrhée ou une sensibilité alimentaire. Ces chiffres, plus élevés que la méta-analyse de 2023, viennent d’une définition « fréquent » et d’un recueil parental. Ils décrivent un fardeau réel pour les familles, pas une lésion intestinale unique.

Le réseau ADDM des CDC, aux États-Unis, estime qu’environ 1 enfant de 8 ans sur 31 était identifié avec un TSA en 2022 (32,2 pour 1 000), avec une prévalence 3,4 fois plus élevée chez les garçons. Ces chiffres américains ne se transposent pas tels quels à la France. Ils rappellent seulement que le TSA est fréquent, et que les questions de transit concernent un grand nombre de familles.

L’inflammation intestinale est-elle plus élevée dans l’autisme ?

Non, pas si l’on regarde l’ensemble des enfants autistes et les marqueurs fécaux les plus utilisés. La calprotectine et la lactoferrine, protéines relarguées par les globules blancs dans l’intestin enflammé, n’étaient pas significativement plus élevées chez les enfants autistes dans la méta-analyse de Mathew et coll. publiée en 2024 dans Molecular Autism.

Huit études comparatives de calprotectine, soit 508 enfants autistes et 397 enfants non autistes, donnaient un rapport de moyennes de 1,30, intervalle de confiance 0,91 à 1,86, donc compatible avec l’absence de différence. Trois études de lactoferrine aboutissaient au même constat. Les auteurs notent qu’un sous-groupe, souvent celui des enfants avec des symptômes digestifs marqués et des traits autistiques plus intenses, pourrait avoir des calprotectines plus hautes. Cela reste une piste, pas une règle de dépistage.

Le comité de gastroentérologie de la Société européenne de gastroentérologie, hépatologie et nutrition pédiatriques (ESPGHAN), cité dans cette synthèse, ne juge pas utile de doser la calprotectine chez un enfant autiste en l’absence de signes cliniques d’affection digestive. Un TSA isolé n’est donc pas une indication à ce dosage. Si le pédiatre soupçonne une maladie inflammatoire de l’intestin, une maladie cœliaque ou une autre pathologie, le bilan suit alors les mêmes critères que pour n’importe quel enfant.

Une étude de 2018 de l’Institut MIND de l’université de Californie à Davis, dirigée par Rose et Ashwood, a toutefois observé, dans le sang, un profil immunitaire différent chez 103 enfants de 3 à 12 ans répartis en quatre groupes (TSA avec ou sans trouble du transit, enfants au développement typique avec ou sans trouble du transit). Après stimulation des cellules par un ligand du récepteur TLR-4, le groupe TSA avec symptômes digestifs produisait davantage d’interleukines IL-5, IL-15 et IL-17 que le groupe TSA sans trouble digestif, et moins de TGF-β1, une cytokine qui aide à réguler l’inflammation. Ces résultats décrivent une réponse immunitaire déséquilibrée dans un sous-groupe, mesurée en laboratoire, et non une colite visible chez tous les enfants autistes. Le groupe d’enfants typiques avec symptômes digestifs était d’ailleurs très petit, ce qui limite la comparaison.

Ce que le microbiote intestinal montre vraiment

La composition bactérienne des selles des enfants autistes n’est pas identique à celle des enfants non autistes, mais il n’existe pas de « signature » unique et reproductible. L’alimentation, l’âge, le sexe, le transit (constipation ou diarrhée) et les antibiotiques pèsent souvent autant que le diagnostic lui-même.

Iglesias-Vázquez et coll. ont regroupé en 2020 dix-huit études, soit 493 enfants autistes et 404 témoins. Les phyla Bacteroidetes, Firmicutes et Actinobacteria dominaient dans les deux groupes. Chez les enfants autistes, les genres Bacteroides, Parabacteroides, Clostridium, Faecalibacterium et Phascolarctobacterium étaient plus abondants, tandis que Coprococcus et Bifidobacterium l’étaient moins. L’hétérogénéité statistique était très élevée. D’autres méta-analyses ont même inversé certains de ces écarts. Un excès de Clostridium et un déficit de bifidobactéries reviennent assez souvent, sans devenir un test diagnostic.

Rose et coll. ont aussi séquencé les selles. Au niveau des familles, le profil des enfants autistes avec trouble du transit n’était pas le même que celui des enfants typiques également constipés ou sujets à la diarrhée. Des familles comme les Bacteroidaceae, Lachnospiraceae, Prevotellaceae et Ruminococcaceae apparaissaient plus représentées chez les enfants autistes qui avaient aussi un trouble du transit. Les auteurs ne pouvaient pas dire si le microbiote poussait l’inflammation, ou si l’inflammation et le régime alimentaire remodelaient le microbiote.

Ces écarts se lisent mieux comme un cercle que comme une cause première. Un enfant qui n’accepte que peu d’aliments, boit peu, retient ses selles ou prend des médicaments qui ralentissent le transit nourrit d’autres bactéries qu’un enfant au régime varié. Inversement, des métabolites bactériens (acides gras à chaîne courte, composés phénolés) peuvent, en théorie, influer sur le système immunitaire et, via le nerf vague ou la circulation, sur le cerveau. Chez l’humain, cette chaîne n’est pas démontrée comme cause de l’autisme.

Comment l’intestin et le cerveau communiquent

L’axe intestin-cerveau désigne un ensemble de liaisons, et non un interrupteur unique. Le tube digestif envoie des signaux par le nerf vague, par des hormones, par des cytokines et par des métabolites bactériens. Le cerveau, de son côté, modifie la motilité, les sécrétions et même la composition du microbiote via le stress et le système nerveux autonome.

Dans l’autisme, plusieurs de ces voies sont étudiées en parallèle. Des mutations associées aux TSA (par exemple dans des gènes liés à la motilité) peuvent aussi s’accompagner de reflux ou de constipation. Les intérêts restreints et l’hypersensibilité sensorielle réduisent la variété alimentaire, ce qui appauvrit le microbiote. La douleur, le ballonnement ou le besoin d’aller à la selle, mal communiqués, se traduisent par de l’irritabilité, un retrait ou une agitation. NICE, dans sa recommandation CG170 sur l’accompagnement des enfants et jeunes autistes, place d’ailleurs les troubles digestifs parmi les facteurs qui peuvent déclencher ou entretenir un comportement difficile.

Rien de tout cela n’équivaut à « l’intestin fabrique l’autisme ». Les traits centraux du TSA existent aussi chez des enfants sans aucun symptôme digestif. Rose et coll. ont même observé des différences immunitaires chez des enfants autistes sans trouble du transit, ce qui plaide pour des mécanismes multiples. Traiter une constipation, un reflux ou une intolérance au lactose documentée vise le confort et parfois le comportement associé. Cela ne remplace pas les interventions éducatives et de communication recommandées pour le TSA lui-même.

Perméabilité intestinale et zonuline

L’idée d’une barrière intestinale trop perméable (« leaky gut » en anglais, perméabilité intestinale accrue) circule beaucoup autour de l’autisme. Les données humaines restent limitées et contradictoires. Une perméabilité mesurée dans un sous-groupe n’est pas une preuve que des fragments alimentaires ou des toxines « causent » les TSA.

Dans l’étude de Rose et coll., les enfants autistes qui avaient un trouble du transit montraient une surreprésentation du gène qui code la zonuline, molécule impliquée dans l’ouverture des jonctions entre cellules de la paroi intestinale. Ce n’est pas un taux sanguin de zonuline plus bas, ni un test de perméabilité réalisé chez tous les participants. Un signal génétique dans un sous-groupe n’établit ni un intestin poreux chez tous les enfants autistes, ni un mécanisme causal.

Buie et coll., dans le consensus pédiatrique américain de 2010 sur les troubles digestifs et les TSA, concluaient déjà que les personnes autistes méritent le même bilan digestif, ni plus magique ni plus négligent, que les personnes non autistes. Le groupe d’experts ne disposait pas de recommandations fondées sur des essais pour un mécanisme autisme-spécifique. Quinze ans plus tard, les marqueurs fécaux d’inflammation ne sont toujours pas élevés chez la majorité des enfants autistes, et la perméabilité n’est pas devenue un critère diagnostic.

On ne « répare » pas une barrière sur la base d’un test commercial de perméabilité ou d’un profil de zonuline vendu hors indication. Si un enfant a une diarrhée chronique, un amaigrissement, un ballonnement douloureux ou des selles graisseuses, le pédiatre cherche des diagnostics classiques (maladie cœliaque, allergie, infection, maladie inflammatoire) avec les outils habituels.

Douleur, transit et comportements

Chez un enfant autiste, surtout s’il parle peu, un ventre douloureux se lit souvent dans le comportement plutôt que dans une phrase. Rose et coll. ont trouvé, sur l’Aberrant Behavior Checklist, des scores plus élevés d’irritabilité, de retrait social et d’hyperactivité chez les enfants autistes avec trouble digestif que chez ceux sans ces symptômes. Chaidez et coll. avaient observé le même type d’association avec la douleur abdominale, les gaz, la diarrhée, la constipation ou la douleur à la défécation.

Le consensus de Buie et coll. insiste sur ce point. Un comportement-problème peut être le premier, voire le seul, signe d’une affection médicale, y compris digestive. NICE CG170 demande de réévaluer, devant un comportement qui s’aggrave, les facteurs physiques tels que la douleur ou un trouble gastro-intestinal, avant d’augmenter d’emblée une médication à visée comportementale.

Cela ne veut pas dire que chaque crise vient d’une constipation. L’anxiété, un changement de routine, une otite, un reflux et un trouble du sommeil peuvent se ressembler. Noter, sur quelques semaines, la fréquence des selles, leur consistance, les douleurs, le sommeil et les repas aide le pédiatre plus qu’un test de microbiote vendu en ligne. Traiter un transit douloureux peut calmer l’agitation sans modifier le diagnostic de TSA, et sans faire du laxatif un traitement de l’autisme.

Les probiotiques ou un régime changent-ils l’autisme ?

Les probiotiques n’ont pas d’effet démontré sur les scores centraux d’autisme dans les essais randomisés disponibles. Ils peuvent, dans certaines études, un peu améliorer les scores digestifs. Aucune souche, aucune dose et aucune durée n’est validée comme schéma de soin.

Zeng et coll. ont publié en 2024, dans l’Italian Journal of Pediatrics, une méta-analyse de six essais randomisés contre placebo, soit 302 enfants. L’indice de gravité gastro-intestinale 6-GSI baissait de 0,59 point en moyenne sous probiotiques. En revanche, les échelles ABC, CBCL, SRS, le quotient de développement et l’impression clinique globale (CGI-I) ne différaient pas du placebo.

Le régime sans gluten et sans caséine, très répandu dans les familles, n’est pas recommandé comme traitement primaire du TSA. Le NICHD américain le dit explicitement. Un tel régime n’a de place que si une maladie cœliaque, une allergie au blé ou une allergie aux protéines du lait est documentée, ou si une intolérance au lactose explique des selles molles. Restreindre le lait sans substitution adaptée peut fragiliser le capital osseux, déjà parfois plus mince chez les enfants autistes.

La transplantation de microbiote fécal a été testée dans de petits essais ouverts, sans groupe placebo adéquat. Elle n’est pas un soin courant de l’autisme. NICE CG170 écarte, pour gérer l’autisme, la sécrétine, la chélation et l’oxygène hyperbare. Ces mises en garde visent des interventions parfois vendues avec le même récit « on répare l’intestin, donc le cerveau ».

Si une famille souhaite essayer un probiotique pour un transit difficile, le cadre raisonnable est un essai limité dans le temps, décidé avec le médecin, arrêté s’il n’y a pas de bénéfice digestif, et jamais substitué au bilan d’une constipation, d’un reflux ou d’une carence.

Alimentation sélective et carences

Beaucoup d’enfants autistes n’acceptent qu’un petit nombre d’aliments, souvent très transformés, et mangent peu de fruits, de légumes et de céréales complètes, comme le rappelle la Mayo Clinic. La sélectivité alimentaire peut précéder les symptômes digestifs, les aggraver, ou les deux. Un enfant qui boit surtout des laits sucrés et refuse l’eau et les fibres a plus de chances d’être constipé, indépendamment de toute « dysbiose » théorique.

NICE a ajouté en juin 2021, dans la CG170, des recommandations précises sur ce point. L’alimentation restreinte peut entraîner des carences aux conséquences graves. Il faut évaluer l’alimentation, la croissance et l’état nutritionnel, surveiller, et adresser l’enfant si besoin. Un bilan sanguin à la recherche de carences peut faire partie de cette évaluation. Ces ajouts de 2021 concernent le Royaume-Uni. En France, le pédiatre, le médecin traitant et, le cas échéant, un diététicien formé à l’autisme appliquent les pratiques locales, qui visent le même objectif, c’est-à-dire un apport suffisant pour grandir.

La Mayo Clinic cite l’Academy of Nutrition and Dietetics. L’équipe de soins devrait inclure un diététicien, juger de l’adéquation nutritionnelle même si la courbe de poids paraît normale, et travailler les obstacles sensoriels qui empêchent d’enrichir l’assiette. Une courbe de croissance rassurante n’exclut pas un déficit en fer, en calcium, en vitamine D ou en fibres.

Restreindre encore le régime « pour soigner l’autisme » sans diagnostic d’allergie ou de maladie cœliaque ajoute un risque à un répertoire déjà étroit. L’inverse est plus sûr. On soigne d’abord la constipation, on élargit ensuite, avec de l’aide, la liste des aliments tolérés, et on ne coupe le gluten ou le lait que si un bilan l’impose.

Constipation et signes qui imposent une consultation

Une constipation fréquente chez un enfant autiste se prend en charge comme chez les autres enfants, avec plus d’attention au fait que la douleur s’exprime mal. NICE CG170 renvoie explicitement à la recommandation CG99 sur la constipation de l’enfant. Deux signes parmi une liste (moins de trois selles formées par semaine, selles dures, souillures par débâcle, douleur, posture de retenue) orientent vers une constipation. Le médecin français adaptera les outils locaux, souvent proches.

Certains signes ne doivent pas être traités comme une simple constipation idiopathique. NICE CG99 demande alors un avis urgent auprès d’un professionnel compétent, sans se limiter à un laxatif d’attente.

Appelez le 15 ou le 112 si un enfant a le ventre très ballonné et vomit, s’il est prostré, si le ventre est dur, ou s’il présente un sang rouge abondant dans les selles. Pour une constipation chronique sans drapeau rouge, le premier interlocuteur reste le médecin traitant ou le pédiatre, qui jugera d’un avis de gastro-pédiatrie.

NICE CG99 déconseille l’endoscopie pour explorer une constipation idiopathique, et déconseille la radiographie d’abdomen pour poser ce diagnostic. Une radiographie n’a de place, dans ce texte britannique, que si un service spécialisé la demande dans une constipation rebelle. Le médecin français décidera selon les recommandations locales.

Comment le médecin explore un trouble digestif

Le bilan d’un enfant autiste avec constipation, diarrhée ou douleur abdominale n’est pas un profil de microbiote à visée « cause de l’autisme ». Buie et coll. le formulent ainsi. On applique la même exigence de bilan que pour un enfant non autiste, en tenant compte des difficultés de communication et de l’alimentation restreinte.

Le pédiatre s’appuie d’abord sur l’histoire (fréquence des selles, douleur, sang, vomissements, croissance, sommeil, médicaments) et sur l’examen. Il cherche un fécalome, un reflux, une fissure, une infection, une maladie cœliaque si la clinique l’évoque, une hypothyroïdie si la croissance fléchit, une allergie si le lien alimentaire est clair. Les enfants sans signe digestif n’ont pas besoin d’examens « spéciaux » du seul fait du TSA, précise le consensus américain de 2010, toujours cité comme référence de principe.

NICE CG128, sur le repérage et le diagnostic du TSA chez les moins de 19 ans, demande déjà de considérer comme comorbidités les problèmes alimentaires, la constipation, les troubles du transit et l’encoprésie. En France, le chemin concret passe par le médecin qui suit l’enfant, éventuellement un diététicien, un gastro-pédiatre si les symptômes persistent, et une équipe qui relie médical et comportement. Un test de microbiote commercial, un régime d’éviction large ou un probiotique pris sans limite de temps n’ont pas le niveau de preuve des soins ordinaires du transit.

Conclusion

L’autisme n’est pas une maladie de l’intestin, même si l’intestin est souvent inconfortable. Les synthèses récentes confirment un excès de constipation, de douleurs et de diarrhée, une flore souvent différente, et, dans certains sous-groupes, des réponses immunitaires déséquilibrées. Elles infirment l’idée d’une inflammation digestive généralisée mesurable par la calprotectine, et elles ne valident pas les régimes d’éviction ni les probiotiques comme traitement de l’autisme.

Le geste le plus utile, pour une famille, est concret. Notez pendant deux semaines le nombre de selles, leur aspect, les douleurs, les repas acceptés et les moments d’agitation. Apportez ce relevé au pédiatre ou au médecin traitant, et demandez si un diététicien, un traitement du transit ou un avis de gastro-pédiatrie est indiqué. En cas de ventre distendu avec vomissements, ou de dégradation brutale de l’état général, appelez le 15 ou le 112.

Les recherches sur l’axe intestin-cerveau continueront. En attendant des essais plus grands et mieux contrôlés, soigner ce qui fait mal, nourrir suffisamment, et ne pas retarder les soins éducatifs du TSA reste la ligne qui s’appuie sur les documents disponibles, de NICE CG170 (2021) au consensus digestif pédiatrique de Buie et coll.

Sources

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10. Buie T, Campbell DB et al. : Evaluation, diagnosis, and treatment of gastrointestinal disorders in individuals with ASDs: a consensus report. Pediatrics, janvier 2010.