Les chercheurs ont créé ce qu’ils appellent un «guichet unique» pour le diagnostic des infections – un test qui peut déterminer l’histoire virale complète d’un individu en scannant une seule goutte de sang.
Le test, appelé VirScan, a été créé par Stephen Elledge et ses collègues du Howard Hughes Medical Institute (HHMI).
«Nous avons mis au point une méthode de dépistage pour remonter le temps dans le sérum [sanguin] des gens et voir quels virus ils ont vécus», explique M. Elledge. « Au lieu de tester un virus individuel à la fois, ce qui nécessite beaucoup de travail, nous pouvons analyser tous ces virus en même temps.
L’équipe explique comment VirScan travaille dans une nouvelle étude publiée dans la revue, dans laquelle ils révèlent également comment le test effectué lors des tests sur les échantillons de sang de plus de 500 participants infectés par certains virus.
Elledge et ses collègues ont synthétisé plus de 93 000 courtes sections d’ADN pour créer le test, chaque section codant pour divers fragments de protéines virales, appelés peptides.
Ensuite, l’équipe a présenté les sections d’ADN aux bactériophages – des virus qui envahissent les cellules bactériennes et les infectent. Chaque bacteriophage est moulé avec un peptide, le peptide étant présent sur la surface du bacteriophage.
Ensemble, les bactériophages montrent toutes les séquences protéiques présentes dans les plus de 1000 souches de virus humains actuellement connues.
Expliquant comment VirScan identifie les virus dans les échantillons de sang, les chercheurs notent que les anticorps antiviraux présents dans le sang reconnaissent des caractéristiques uniques connues sous le nom d’épitopes, qui se trouvent dans les peptides à la surface de chaque bactériophage. Lorsque les bactériophages sont combinés avec un échantillon de sang, les anticorps dans le sang identifient et se lient à ces épitopes.
Les chercheurs recueillent ensuite ces anticorps et éliminent tout sauf les bactériophages auxquels ils sont attachés.
En effectuant le séquençage de l’ADN sur ces bactériophages, l’équipe est capable d’identifier les peptides auxquels les anticorps se sont accrochés, révélant quels virus le système immunitaire d’un individu a déjà rencontré, que ce soit par infection ou par vaccination.
Selon M. Elledge, il faudra environ 2 à 3 jours à VirScan pour analyser 100 échantillons de sang, mais il est confiant que ce temps de traitement peut être augmenté au fur et à mesure que le test est développé. Il en coûterait environ 25 $ pour analyser un échantillon de sang.
Le test a montré une sensibilité et une spécificité élevées
Les chercheurs ont testé VirScan sur des échantillons sanguins de 569 personnes des États-Unis, d’Afrique du Sud, de Thaïlande et du Pérou, qui ont tous été infectés par certains virus, dont le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et l’hépatite C.
Dans l’ensemble, VirScan a analysé environ 100 millions d’interactions possibles entre les anticorps et les épitopes des échantillons de sang, le test produisant des résultats très précis, selon l’équipe. Elledge dit:
«Nous étions dans la plage de sensibilité de 95-100% pour [VIH et hépatite C], et la spécificité était bonne – nous n’avons pas identifié faussement les personnes négatives, ce qui nous a permis de croire que nous pouvions détecter d’autres virus, et quand nous les avons vus, nous saurions qu’ils étaient réels. «
L’équipe a constaté que chaque individu inclus dans l’étude avait une moyenne de 10 virus différents, avec des personnes en Afrique du Sud, au Pérou et en Thaïlande possédant des anticorps contre plus de virus que ceux aux États-Unis.
De plus, ils ont découvert que les adultes possédaient des anticorps contre plus de virus que les enfants, et que les personnes séropositives avaient des anticorps contre plus de virus que les personnes non infectées par le VIH.
Cependant, la découverte la plus surprenante est peut-être que les réponses d’anticorps contre certains virus se sont avérées similaires chez chaque individu; les anticorps de différents individus ont reconnu exactement les mêmes acides aminés présents dans les peptides de virus spécifiques.
Les chercheurs sont confiants que VirScan pourrait être une alternative efficace aux méthodes de test virales existantes, qui testent un virus spécifique un par un.
Comme le test peut déterminer les antécédents viraux d’un individu, l’équipe estime qu’il offre la possibilité de découvrir des facteurs affectant la santé qui auraient pu être négligés. Le test fournit également l’occasion d’évaluer et de comparer les infections virales dans de grandes populations, et il peut même avoir des implications pour la conception du vaccin.
Leur étude, les chercheurs disent, les a aidés à améliorer la précision de VirScan, et ils espèrent qu’il va s’améliorer davantage avec plus de recherche.
L’approche utilisée pour créer VirScan pourrait également être appliquée pour identifier d’autres anticorps, les notes d’équipe, tels que ceux impliqués dans les maladies auto-immunes, dans lequel le système immunitaire attaque les tissus sains du corps.
