Cryptosporidiose : symptômes, piscine et traitement

La cryptosporidiose est une infection de l’intestin grêle due au parasite Cryptosporidium, le plus souvent après avoir avalé de l’eau souillée par des selles, dans une piscine, un lac ou un robinet non traité. Chez une personne dont l’immunité fonctionne, le tableau le plus fréquent est une diarrhée aqueuse qui commence en moyenne 7 jours après l’ingestion (entre 2 et 10 jours) et s’arrête en 2 à 3 semaines, parfois avec des allers-retours pendant 30 jours.

Une gorgée d’eau de bassin peut suffire. À 1 ppm de chlore libre, pH 7,5 ou moins et 25 °C, Escherichia coli est inactivée en moins d’une minute, alors que Cryptosporidium reste infectieux environ 15 300 minutes, soit 10,6 jours, d’après une fiche des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) mise à jour en 2024.

On estime 823 000 cas par an aux États-Unis, dont moins de 2 % sont notifiés (12 609 déclarations en 2022, données CDC). Le nitazoxanide, à 500 mg matin et soir pendant 3 jours chez l’adulte immunocompétent selon l’AMM de la Food and Drug Administration (FDA), n’a pas montré de supériorité au placebo en cas de VIH. Après la dernière selle liquide, il reste encore deux semaines hors de l’eau de baignade pour limiter les foyers.

Quels symptômes et combien de temps durent-ils

La diarrhée aqueuse, fréquente et prolongée, est le signe le plus constant. Elle peut aller jusqu’à 10 selles ou plus par jour, selon la Cleveland Clinic (page révisée en 2026), et s’accompagne souvent de crampes, de nausées, de vomissements, d’une fièvre modérée, d’une perte d’appétit, d’un amaigrissement et d’une déshydratation.

Le délai d’apparition n’est pas immédiat. Les CDC, dans leur fiche de juin 2025, situent le début entre 2 et 10 jours après l’ingestion, 7 jours en moyenne. Chez une personne immunocompétente, les signes disparaissent habituellement en 2 à 3 semaines (de quelques jours à 4 semaines ou davantage) et peuvent aller et venir pendant 30 jours. Une infection antérieure laisse souvent des anticorps ; une nouvelle exposition donne alors moins de symptômes, parfois aucun.

Le parasite se loge d’abord dans l’intestin grêle. Chez une personne dont l’immunité est affaiblie, il peut aussi gagner les voies biliaires, le pancréas ou l’appareil respiratoire. La fièvre n’est pas constante ; les recommandations NIH sur les infections opportunistes (mise à jour du 18 janvier 2023) la décrivent chez environ un tiers des patients vivant avec le VIH. La malabsorption est fréquente dans ce groupe.

Certaines personnes n’ont aucun signe et restent pourtant contagieuses. L’excrétion d’oocystes dans les selles commence avec la diarrhée et se poursuit en moyenne deux semaines après son arrêt, ce qui explique les transmissions à la maison, en crèche ou dans l’eau d’un bassin alors que le malade se croit guéri.

D’autres signes digestifs se regroupent ainsi, chacun pouvant manquer.

• Les crampes abdominales surviennent souvent par vagues et précèdent une nouvelle selle liquide.
• Les nausées et les vomissements accélèrent la perte d’eau, surtout chez le nourrisson et la femme enceinte.
• La fièvre reste le plus souvent modérée et n’oriente pas à elle seule vers un parasite.
• La soif, la bouche sèche et des urines rares annoncent une déshydratation qui justifie un avis médical.

Le résumé de surveillance américain pour 2022 décrit une diarrhée aqueuse non sanglante. Du sang dans les selles doit faire chercher une autre cause en plus du parasite.

Comment on attrape le parasite Cryptosporidium

On s’infecte en avalant des oocystes, formes kystiques immédiatement contagieuses, présents dans des selles humaines ou animales. Cryptosporidium hominis et Cryptosporidium parvum causent la plupart des cas humains ; d’autres espèces (C. meleagridis, C. felis, C. canis) sont plus rares. Le Merck Manual (révision de mai 2024) rappelle qu’il en faut très peu, moins de 100, pour déclencher une maladie. Une étude ancienne chez le volontaire sain, encore citée par ce manuel, a calculé une dose infectante médiane de 132 oocystes.

L’eau de baignade est le grand pourvoyeur des foyers dans les pays à haut revenu. Avaler l’eau d’une piscine, d’un jacuzzi, d’un parc aquatique, d’un lac ou d’une rivière suffit. L’eau de boisson, la glace, le lait ou le cidre non pasteurisés, les fruits et légumes lavés avec une eau douteuse, les surfaces (jouets, robinets, chaussures d’étable) et le change d’une couche font le reste. Le contact avec un veau, un agneau ou un chevreau, un animal de ferme ou un zoo pédagogique est un classique. Le parasite n’est pas une infection sexuellement transmissible au sens habituel, mais le contact oro-anal ou les mains souillées pendant un rapport peuvent le transmettre.

Des millions d’oocystes sortent dans les selles d’un hôte infecté, résistent au chlore usuel et ne passent pas par le sang. Les CDC, dans leur page de mai 2025, ajoutent le toucher d’objets souillés puis de la bouche, le soin d’un malade et le voyage avec une eau non sûre.

Les enfants de 1 à 4 ans sont les plus touchés. Pour 2022, l’incidence déclarée américaine était la plus haute avant 5 ans (5,8 pour 100 000), avec un pic de juillet à septembre. Les plus de 75 ans, les professionnels de crèche, les éleveurs, les campeurs et les voyageurs sont aussi plus exposés. Entre 2009 et 2017, le Merck Manual reprend 444 foyers américains (7 465 malades), dont 35,1 % liés à l’eau de baignade traitée. Ces chiffres ne se transposent pas tels quels à la France, mais le mécanisme, une gorgée encore infectieuse, est le même.

Pourquoi le chlore de piscine ne suffit pas

Le chlore d’un bassin bien tenu tue la plupart des bactéries en quelques minutes, pas Cryptosporidium. Les CDC indiquent que le parasite peut rester vivant plus de 7 jours dans une eau correctement désinfectée. C’est la raison pour laquelle un bassin « aux normes » n’offre pas une garantie contre cette diarrhée.

Les temps d’inactivation, calculés pour 1 ppm de chlore libre, un pH de 7,5 ou moins, une température d’au moins 25 °C et sans acide cyanurique, montrent l’écart.

Un accident diarrhéique dans l’eau libère des millions de germes. Avaler une petite quantité de cette eau peut suffire. Les couches de bain ne sont pas étanches ; elles retardent seulement quelques minutes la sortie des selles. Plusieurs bassins branchés sur le même filtre se contaminent ensemble.

Les consignes américaines (CDC et American Academy of Pediatrics) demandent d’attendre deux semaines après la fin complète de la diarrhée avant de retourner nager, même après un médicament, car le nitazoxanide n’élimine pas toujours les oocystes. Rester hors de l’eau pendant les selles liquides, ne pas avaler l’eau, rincer le corps une minute avant d’entrer et changer les couches loin du bord réduisent le risque pour les autres. L’hyperchloration d’un bassin public après une diarrhée dans l’eau est une affaire d’exploitant formé ; les CDC ne la recommandent pas pour une piscine de jardin, trop risquée si les produits sont mal dosés.

Qui risque une forme grave

Chez la plupart des adultes et des enfants en bonne santé, la maladie s’arrête d’elle-même. Le danger réel est la déshydratation, surtout chez le nourrisson de moins d’un an et pendant la grossesse, et la forme chronique chez une personne dont l’immunité est basse.

Le risque de maladie grave dépend du degré d’immunosuppression. Les CDC citent le VIH, les cancers et greffes sous médicaments qui affaiblissent l’immunité, et certaines maladies génétiques du système immunitaire. Pour le VIH, le seuil le plus critique se situe en dessous de 100 lymphocytes CD4 par mm³. Dans ce contexte, la diarrhée peut durer des semaines ou des mois, entraîner une dénutrition et un amaigrissement menaçants, et s’étendre aux voies biliaires (cholangite sclérosante), au pancréas ou, plus rarement, aux poumons.

Le volume de selles peut dépasser 5 à 10 litres par jour chez certains patients au stade avancé du VIH, d’après le Merck Manual. Aux États-Unis, depuis la diffusion large des antirétroviraux, l’incidence de cette parasitose au cours du VIH est passée sous 1 cas pour 1 000 personnes-années, chiffre rappelé par le NIH. L’étude GEMS, synthétisée en 2016 et citée par le Merck Manual, plaçait le parasite au second rang des causes de diarrhée modérée à grave du nourrisson (5 à 15 % des cas) sur sept sites d’Afrique subsaharienne et d’Asie du Sud.

La déshydratation se traduit par une soif intense, une bouche sèche, des urines rares ou foncées, des vertiges au lever, une confusion. Chez l’enfant, des épisodes répétés ont été liés à un ralentissement de la croissance, signalé par la Cleveland Clinic. Une infection antérieure atténue souvent les symptômes d’une nouvelle exposition, sans supprimer l’excrétion ni le risque pour un proche fragile.

Quels examens posent le diagnostic

Le diagnostic repose sur les selles, pas sur une prise de sang ni sur une « culture » ordinaire. Cryptosporidium n’apparaît pas de façon fiable dans un examen parasitologique de routine ; il faut le demander nommément. Les CDC (mai 2025) indiquent que l’excrétion n’est pas continue et que trois prélèvements sur trois jours peuvent être nécessaires.

Les laboratoires utilisent plusieurs techniques. La microscopie après coloration acido-résistante (Ziehl-Neelsen modifié, Kinyoun) ou l’immunofluorescence directe visualise les oocystes. Les tests antigéniques (ELISA) sont plus sensibles que la microscopie simple. Les panels d’amplification génique (PCR) détectent davantage de cas et cherchent en même temps bactéries, virus et autres parasites. Le Merck Manual souligne que certains tests immunochromatographiques rapides donnent des faux positifs ; un résultat isolé se lit avec le tableau clinique.

Un seul échantillon peut suffire si la diarrhée est très abondante ; dans une forme plus légère, répéter le prélèvement évite un faux négatif. L’échographie, la biopsie intestinale ou une cholangiopancréatographie rétrograde ne sont pas de première ligne ; elles n’interviennent que si une atteinte des voies biliaires est suspectée chez une personne très immunodéprimée. Les sérologies ne datent pas une infection aiguë. Devant des selles liquides de plus de quelques jours après une piscine, un voyage ou un contact avec des veaux, préciser ces expositions au médecin évite que le laboratoire omette le parasite.

Comment soigner une forme simple

L’hydratation est le traitement de fond. La plupart des personnes dont l’immunité est intacte guérissent sans médicament spécifique, écrivent les CDC en juin 2025. L’eau, un bouillon, un soluté de réhydratation orale compensent les pertes. Le nourrisson et la femme enceinte se déshydratent plus vite ; un avis médical sur les apports est alors justifié. Une perfusion à l’hôpital devient nécessaire si la soif, l’absence d’urines ou un malaise au lever s’installent.

Un ralentisseur de transit (lopéramide ou autre) peut diminuer le nombre de selles, mais seulement après avis d’un médecin ou d’un pharmacien, car il ne convient pas à tous les tableaux. Le nitazoxanide n’est pas un antidiarrhéique de comptoir ; c’est un antiparasitaire. Aux États-Unis, la FDA l’a autorisé (spécialité Alinia) pour la diarrhée à Cryptosporidium parvum ou Giardia chez les personnes immunocompétentes à partir d’un an. La notice DailyMed (20 mars 2024) et la fiche clinique des CDC (juin 2025) donnent les posologies suivantes, toujours avec un repas, pendant 3 jours.

• De 1 à 3 ans, 100 mg toutes les 12 heures en suspension, jamais en comprimé de 500 mg.
• De 4 à 11 ans, 200 mg deux fois par jour en suspension.
• À partir de 12 ans, 500 mg à 12 heures d’intervalle, en comprimé ou 25 ml de suspension.

Les taux de disparition de la diarrhée vont de 72 à 88 %, ceux de disparition des oocystes de 60 à 75 %. Si les selles restent liquides, un nouveau test au moins une semaine après la dernière prise peut se discuter ; une rechute, une réinfection ou une autre cause restent possibles. La notice américaine précise que le médicament n’a pas montré d’effet supérieur au placebo chez les patients infectés par le VIH ou immunodéficients. En France, la disponibilité, l’indication et la posologie relèvent du médecin et du pharmacien, qui appliquent la recommandation locale ; les chiffres ci-dessus décrivent l’AMM américaine, pas une norme française.

Le café et l’alcool aggravent la déshydratation. Un régime « anti-inflammatoire » n’est pas documenté. En cas d’infection par le VIH, le NIH suggère d’éviter les produits laitiers pendant la diarrhée, un déficit transitoire en lactase étant fréquent (cotation CIII) ; ce n’est pas une preuve d’efficacité chez l’immunocompétent. Les antibiotiques antibactériens n’agissent pas sur ce protozoaire. Les réserver « aux formes graves de l’immunodéprimé » ne correspond pas aux textes actuels ; le levier, dans ce groupe, est la restauration immunitaire.

VIH, greffe et cancers, le traitement change

Chez une personne séropositive, la pièce maîtresse n’est pas le nitazoxanide. Les recommandations NIH sur les infections opportunistes, mises à jour le 18 janvier 2023, demandent de commencer (ou d’optimiser) le traitement antirétroviral pour viser un taux de CD4 supérieur à 100 cellules/mm³, d’hydrater de façon intensive par voie orale ou veineuse, et de traiter les symptômes par un ralentisseur de transit. Aucun antiparasitaire n’a montré une efficacité constante en l’absence d’antirétroviraux.

Le nitazoxanide (500 mg à 1 000 mg matin et soir pendant au moins 14 jours, avec de la nourriture) ou la paromomycine (500 mg quatre fois par jour pendant 14 à 21 jours) peuvent être tentés en plus des antirétroviraux, jamais à leur place (cotation CIII). La revue Cochrane de 2007 n’avait pas trouvé de preuve solide qu’un médicament réduise la diarrhée chez l’immunodéprimé ; le nitazoxanide aidait surtout à faire disparaître les oocystes chez des enfants non infectés par le VIH. Les essais pédiatriques au cours du VIH n’ont pas confirmé le bénéfice.

La rifabutine et, de façon plus incertaine, la clarithromycine prises autrefois contre le complexe Mycobacterium avium ont été associées à moins de cryptosporidiose. Le NIH juge les données insuffisantes pour les recommander comme chimioprophylaxie. La prévention de la forme chronique, c’est commencer les antirétroviraux avant une immunodépression profonde. Greffe, chimiothérapie et immunosuppresseurs posent le même problème, car le parasite peut persister des mois. La Cleveland Clinic souligne que, chez certaines personnes au stade sida, l’éradication n’est pas obtenue et que l’objectif devient de rendre les selles gérables. Une atteinte des voies biliaires peut conduire à un geste endoscopique, décision de spécialiste. Le suivi porte sur le volume des selles, le poids et les électrolytes plus que sur la négativation immédiate du laboratoire.

Diarrhée aqueuse, quand voir un médecin

Une diarrhée aqueuse de plus de quelques jours, surtout après une piscine, un voyage ou un contact avec de jeunes ruminants, justifie un rendez-vous avec le médecin traitant et un examen des selles ciblé. Attendre que « ça passe comme une gastro » laisse filer le diagnostic et maintient le risque pour l’entourage et les bassins.

Les signes suivants, tirés des pages CDC, Cleveland Clinic et NIH, aident à trier le degré d’urgence.

Le nourrisson de moins d’un an perd son eau très vite ; les CDC parlent d’un risque vital. Un adulte immunocompétent qui urine encore, boit et n’a pas de vertige peut souvent commencer par l’hydratation à domicile, tout en prenant rendez-vous si les selles durent. Sous immunosuppresseur, au cours du VIH ou après une greffe, on n’attend pas « quelques jours ». Le 15 ou le 112 sert aux signes de choc hypovolémique, pas à obtenir un antiparasitaire le soir même.

Hygiène, filtres et deux semaines hors de l’eau

Le lavage des mains au savon et à l’eau, aux moments clés, reste la mesure la plus utile au domicile. Les solutions hydroalcooliques n’inactivent pas Cryptosporidium ; s’en tenir au gel après un change ou des toilettes laisse le parasite sur la peau. Les CDC (mai 2025) listent aussi les précautions d’eau, d’aliments et de sexualité.

Les gestes qui réduisent la transmission tiennent en quelques habitudes répétées, pas en un désinfectant miracle.

• Lavez-vous les mains au savon après les toilettes, un change, un contact animal et avant de préparer un repas.
• Gardez le malade hors de la piscine, du jacuzzi et du lac pendant la diarrhée, puis encore 14 jours.
• Évitez de préparer des repas pour d’autres tant que les selles sont liquides, et séparez serviettes et gants de toilette.
• Faites bouillir 1 minute une eau douteuse (3 minutes au-dessus de 1 981 m) ou utilisez une bouteille commerciale.
• Choisissez un filtre portant la mention NSF 53, NSF 58, ou « porosité absolue de 1 micron ou moins ».
• Attendez 2 semaines après la diarrhée avant un rapport avec contact fécal possible, et utilisez une barrière.

Aucun désinfectant de surface n’est garanti contre ce parasite. L’eau oxygénée se montre plus active que l’eau de Javel usuelle, sans être une assurance. Le lait et le cidre se choisissent pasteurisés. Les fruits et légumes lavés avec une eau suspecte se laissent de côté. Pendant un avis de faire bouillir l’eau, la glace du bac et le robinet du brossage des dents comptent autant que le verre.

Les personnes très immunodéprimées ont intérêt à éviter les baignades collectives et l’eau brute des lacs, et à discuter d’un filtre domestique. Le NIH ne prescrit pas à tous les patients séropositifs de renoncer à l’eau du robinet hors épidémie ; le risque hors foyer est jugé faible, mais un filtre peut se discuter si les CD4 sont bas. Les huîtres crues ont parfois porté des oocystes ; la prudence s’impose si l’immunité est basse.

Enfants, animaux et voyages

Les jeunes enfants répandent le parasite parce qu’ils portent les mains à la bouche et que les couches fuient. Une crèche ou une classe maternelle peut voir plusieurs cas à partir d’un seul enfant encore contagieux. Le retour au bassin se calcule deux semaines après la dernière selle liquide, pas le lendemain de l’arrêt des symptômes. L’éviction scolaire pendant la diarrhée se discute avec le médecin ; les règles étrangères ne s’appliquent pas d’office en France.

Les veaux non sevrés, les agneaux et les chevreaux sont les animaux les plus souvent en cause. Se laver les mains après une ferme ou un zoo, et ne pas manger dans l’enclos, coupe une grande partie du risque. Si les CD4 sont bas, le NIH conseille d’éviter le contact direct avec les selles d’animaux et les très jeunes ruminants.

En voyage, l’eau du robinet, la glace, les crudités rincées sur place et les jus non pasteurisés sont les pièges habituels. L’eau en bouteille scellée, l’eau bouillie ou un filtre adapté valent mieux qu’un comprimé de chlore de randonnée, inefficace ici. Un nourrisson de moins d’un an avec des selles liquides fréquentes, qui urine peu ou qui devient mou, n’attend pas. Le nitazoxanide pédiatrique américain ne concerne pas cet âge ; l’hydratation et l’avis du pédiatre priment.

Questions fréquentes

Le gel hydroalcoolique élimine-t-il Cryptosporidium ?

Non. Les solutions hydroalcooliques n’inactivent pas ce parasite. Le lavage au savon et à l’eau, après les toilettes, un change ou un contact animal, reste la mesure efficace. Un gel peut compléter contre d’autres microbes, il ne remplace pas le savon ici.

Peut-on retourner nager dès que la diarrhée s’arrête ?

Non. Les CDC et l’American Academy of Pediatrics demandent deux semaines après la disparition complète des selles liquides. Le malade continue d’excréter des oocystes, et le chlore du bassin ne les tue pas assez vite. Cette pause protège les autres nageurs, y compris après un traitement.

Les antibiotiques soignent-ils cette infection ?

Les antibiotiques antibactériens n’ont pas d’action utile sur Cryptosporidium. Chez l’immunocompétent, l’hydratation prime ; un antiparasitaire (nitazoxanide aux États-Unis) se discute au cas par cas. Chez la personne vivant avec le VIH, les antirétroviraux sont le levier, pas une pénicilline.

Combien de temps reste-t-on contagieux ?

L’excrétion commence avec les symptômes et se poursuit environ deux semaines après leur arrêt. Pendant cette période, les mains, les serviettes, la cuisine et l’eau de baignade restent des vecteurs. Un test des selles négatif n’est pas exigé pour lever ces précautions dans les textes des CDC.

Faut-il couper le lait pendant la diarrhée ?

Si le VIH est en cause, le NIH conseille d’éviter les produits laitiers le temps de la diarrhée, un déficit en lactase étant fréquent. Pour les autres, aucun régime miracle n’est démontré ; si le lait augmente les selles, le suspendre quelques jours est raisonnable.

Une deuxième infection est-elle possible ?

Oui. Une infection antérieure atténue souvent les symptômes d’une nouvelle exposition grâce aux anticorps, mais elle n’empêche ni d’avaler à nouveau des oocystes ni de les transmettre. Les mêmes règles d’eau, de mains et de bassin s’appliquent.

Conclusion

Cryptosporidium n’est pas une « gastro de piscine » anodine parce que l’eau est bleue et chlorée. C’est un parasite qui survit plus de 7 jours dans un bassin aux normes, qui s’attrape avec une petite gorgée, et qui continue de sortir dans les selles deux semaines après la dernière diarrhée. Chez la plupart des gens, l’affaire se règle par l’eau bue, le savon et la patience ; chez le nourrisson, la femme enceinte et la personne immunodéprimée, le calendrier est plus serré.

Si des selles liquides durent plus de quelques jours après une baignade, un voyage ou un contact avec de jeunes animaux, le geste utile est d’en parler au médecin traitant et de demander un examen des selles qui cherche nommément Cryptosporidium, pas seulement une coproculture bactérienne. Posez aussi la question du retour à la piscine (deux semaines après la dernière selle liquide) et, si le VIH ou un immunosuppresseur est en jeu, celle du traitement de fond avant celle d’un antiparasitaire.

Le savon et l’eau restent plus utiles que le gel hydroalcoolique, et le chlore du bassin ne fait pas ce travail à votre place.

Sources

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12. Abubakar II, Aliyu SH, Arumugam C et al. : Not enough evidence on effectiveness of drugs or preventive measures on disease caused by Cryptosporidium. Cochrane Database of Systematic Reviews, 24 janvier 2007.