Infection à E. coli : symptômes, causes et traitement

Escherichia coli, souvent abrégée E. coli, vit dans l’intestin de l’être humain et des animaux à sang chaud. La plupart des souches restent inoffensives, mais certaines provoquent une diarrhée, parfois sanglante, avec des crampes abdominales intenses. Chez l’adulte sans autre maladie, l’épisode digestif s’améliore souvent en une semaine, selon la Mayo Clinic ; le danger réel est le passage vers un syndrome hémolytique et urémique (SHU), surtout avant 5 ans et après 65 ans.

Les crampes commencent souvent comme une « gastro » après un steak haché encore rosâtre ou une salade de feuilles mal rincée. Les CDC placent d’ailleurs les légumes-feuilles et la viande hachée parmi les sources majeures des souches productrices de shigatoxines, dites STEC.

En 2023, 10 901 cas confirmés de STEC ont été notifiés dans l’Union européenne et l’Espace économique européen, soit 3,2 pour 100 000 habitants, le taux le plus élevé depuis le début de cette surveillance. L’incubation dure en médiane 3 à 4 jours. Tant qu’un STEC n’est pas écarté, les CDC déconseillent les antibiotiques et les antidiarrhéiques, car ils peuvent augmenter le risque de SHU.

Quels symptômes apparaissent et dans quel délai ?

Les signes digestifs typiques sont une diarrhée aqueuse ou sanglante et des crampes souvent brutales. Vomissements et fièvre basse peuvent s’y ajouter, mais la fièvre élevée n’est pas le tableau habituel des STEC.

• Une diarrhée aqueuse peut précéder des selles sanglantes, parfois dès le lendemain des premières douleurs.
• Les crampes abdominales sont souvent soudaines et suffisamment intenses pour interrompre les activités.
• Des nausées ou des vomissements surviennent chez une partie des personnes infectées.
• Une fièvre, quand elle existe, reste en général basse et n’oriente pas à elle seule le diagnostic.

D’après la Mayo Clinic, les symptômes commencent le plus souvent 3 à 4 jours après le contact avec la bactérie. Ils peuvent toutefois surgir dès le lendemain, ou plus d’une semaine plus tard. La fiche de l’OMS, datée du 7 février 2018, situe l’incubation entre 3 et 8 jours, avec une médiane de 3 à 4 jours. Cette fourchette explique qu’un repas suspect soit déjà oublié quand les selles se mettent à contenir du sang.

Le sang dans les selles vient des lésions de la muqueuse intestinale liées à la shigatoxine, et non d’une simple irritation. Certaines personnes n’ont presque pas de fièvre, ce qui retarde la consultation. Une fatigue marquée apparaît souvent quand les selles liquides et les vomissements vident l’organisme d’eau et de sels minéraux. Un adulte sans autre maladie s’améliore souvent en une semaine, précise cette même source, et la plupart des patients récupèrent en 10 jours selon l’OMS. Une diarrhée sanglante qui s’aggrave, ou une chute des urines, n’est plus un épisode à attendre à la maison.

Les plus jeunes enfants, les personnes de 65 ans et plus et les patients dont l’immunité est affaiblie tolèrent mal la déshydratation. Chez un nourrisson, l’absence de larmes, une bouche sèche et des couches trop sèches suffisent à justifier un avis médical le jour même, même si la fièvre reste modérée.

Comment l’infection se transmet-elle ?

On s’infecte en avalant la bactérie, le plus souvent via un aliment ou une eau souillés par des matières fécales d’animaux ou d’humains. Un contact avec un animal, son environnement ou les selles d’une personne malade suffit aussi.

Les ruminants, en particulier les bovins, sont le réservoir principal des STEC, précisent les pages techniques des CDC. Au moment de l’abattage, des bactéries intestinales peuvent contaminer la viande. La viande hachée mélange des pièces de plusieurs bêtes, ce qui élargit le risque. Le lait cru se contamine au niveau de la mamelle ou des machines de traite. Les légumes, surtout épinards et laitues, peuvent recevoir des eaux de ruissellement chargées de déjections.

• Avaler de l’eau d’une piscine ou d’un lac souillé par des selles est une voie décrite par la Mayo Clinic.
• Un lait, un jus ou un cidre non pasteurisé peut transporter la bactérie jusqu’à l’intestin.
• Les mains d’un enfant diarrhéique, en crèche ou à la maison, passent la bactérie à l’entourage.
• Mini-fermes, zoos pour enfants et foires agricoles exposent les mains puis la bouche après le contact animal.

Une personne sans symptômes peut excréter la bactérie. Le lavage des mains après les toilettes, le change et le contact avec un animal reste donc aussi utile que la cuisson de la viande.

STEC, voyageurs et autres souches pathogènes

Six groupes d’E. coli peuvent causer une diarrhée. Ils ne se valent pas pour le sang dans les selles, les personnes touchées et les pays où l’infection est la plus fréquente.

Les STEC, parfois appelées E. coli entérohémorragiques, produisent une shigatoxine proche de celle de Shigella dysenteriae. Ce sont elles qui donnent le tableau de colite hémorragique et le SHU. Les CDC les associent surtout aux pays à revenu élevé, aux moins de cinq ans et aux adultes de 65 ans et plus, avec comme aliments souvent cités les légumes-feuilles et la viande hachée. O157:H7 reste le sérotype le plus connu du public, mais il n’est plus le seul à surveiller en Europe.

Dans le rapport de l’ECDC sur les données 2023, publié en 2025, O157 ne représentait que 19,8 % des souches typées. Parmi les cas de SHU avec sérogroupe connu, O26 arrivait en tête (41,1 %), devant O157 (21,5 %). Lire « E. coli » comme synonyme automatique de O157:H7 est donc devenu trompeur. Un autre exemple historique, rappelé par les CDC, est la souche O104:H4 de l’épidémie allemande de 2011, qui mélangeait shigatoxine et propriétés d’adhérence d’un autre pathotype.

Les E. coli entérotoxinogènes (ETEC) causent surtout une diarrhée aqueuse du voyageur, avec crampes et vomissements, chez des adultes jeunes exposés à de l’eau, de la glace ou des aliments contaminés dans des pays à revenu faible. D’autres pathotypes (EPEC, EIEC, EAEC, DAEC) touchent davantage les nourrissons, les enfants ou les personnes vivant avec le VIH, souvent hors d’Europe. Le laboratoire de ville ne les cherche pas en routine, sauf enquête de toxi-infection alimentaire.

Comment le diagnostic se fait-il ?

Le diagnostic d’une diarrhée à E. coli repose sur un échantillon de selles, pas sur la seule clinique. Les CDC demandent à la fois une culture pour E. coli O157 et un test qui détecte les shigatoxines ou les gènes qui les codent, afin de ne pas rater les STEC non-O157.

Cette double approche a une conséquence concrète. Une culture sur gélose au sorbitol, historiquement utile pour O157, laisse passer la majorité des autres STEC, qui fermentent le sorbitol. Un résultat « négatif pour O157 » n’écarte donc pas un STEC si la recherche de toxine n’a pas été faite. Les isolats présumés O157 et les échantillons positifs pour la shigatoxine sont ensuite adressés au laboratoire de santé publique pour caractérisation, ce qui sert aussi à détecter un foyer.

Le médecin s’appuie d’abord sur le récit (début brutal, sang, peu de fièvre, aliment à risque, cas autour de soi, voyage) pour décider du prélèvement. Aucune page actuelle des CDC ne fixe un délai unique du type « dans les 48 heures après les premières selles sanglantes ». En revanche, plus le prélèvement est précoce pendant la diarrhée, plus la bactérie et la toxine ont de chances d’être encore présentes. D’autres pathotypes diarrhéiques ne sont cherchés, aux États-Unis, que lors d’une épidémie d’origine inconnue.

Une prise de sang n’identifie pas la souche intestinale, mais elle devient indispensable dès qu’un SHU est possible. Numération, plaquettes et créatinine permettent alors de voir une anémie d’origine hémolytique, une chute des plaquettes et une atteinte rénale, la triade retenue par les CDC pour le diagnostic du SHU.

Que faire pour se soigner, et pourquoi éviter les antibiotiques

Le traitement d’une diarrhée à STEC est d’abord une réhydratation, à la maison ou à l’hôpital. Les CDC et la Mayo Clinic s’accordent. La plupart des personnes s’améliorent sans antibiotique, et un antibiotique donné pour un STEC peut augmenter le risque de SHU.

Boire souvent, par petites quantités, de l’eau, un bouillon ou une solution de réhydratation orale remplace l’eau et les électrolytes perdus. La Mayo Clinic déconseille les jus de pomme et de poire, la caféine et l’alcool pendant l’épisode, ainsi que les plats très gras, très salés, très épicés ou très riches en fibres tant que l’intestin est irrité. Chez l’enfant, les CDC insistent pour ne pas attendre les signes francs de déshydratation avant de proposer davantage de liquide.

Les antidiarrhéiques qui ralentissent le transit, dont le lopéramide, sont à éviter en cas de diarrhée sanglante, de forte fièvre ou de STEC documenté. Les pages clinicien des CDC (14 mai 2024) ajoutent qu’ils peuvent favoriser un mégacôlon toxique, un SHU et des complications neurologiques. Un médicament contenant du subsalicylate de bismuth n’est pas indiqué avant 12 ans, d’après la page grand public des CDC. Si un antidiarrhéique a déjà été pris, il faut le dire au médecin, surtout avant une coproculture.

Les antibiotiques restent un sujet de tension entre pratique et recherche. Les CDC, comme l’OMS en 2018, demandent de ne pas les utiliser pour un STEC. Une méta-analyse de 2025 (Sevilla et coll., 17 975 patients) retrouve une hausse du risque de SHU avec tout antibiotique (OR 1,47) et surtout avec les bêta-lactamines (OR 2,37), tandis que la fosfomycine apparaissait associée à un risque plus bas. Ce signal sur la fosfomycine ne change pas, à ce jour, la consigne des CDC. Pour les autres E. coli diarrhéiques (hors STEC), des fluoroquinolones, des macrolides ou la rifaximine peuvent être discutés, mais seulement une fois le STEC écarté, et selon la gravité.

Chez l’enfant atteint d’un STEC O157, des travaux cités par les CDC indiquent qu’une perfusion veineuse commencée dans les quatre premiers jours de diarrhée pourrait réduire le risque d’insuffisance rénale. Ce n’est pas un geste de confort. C’est une raison de consulter tôt, sans attendre que les urines se tarissent. Une revue Cochrane mise à jour le 25 avril 2025 (Imdad et coll.) n’a inclus aucune nouvelle étude et ne permet toujours pas de recommander un médicament, un anticorps anti-shigatoxine ou un liant de toxine pour empêcher le SHU. Les « antidotes » ou les phages présentés comme déjà disponibles n’ont pas ce niveau de preuve.

Syndrome hémolytique et urémique, signes à surveiller

Le SHU est une microangiopathie thrombotique déclenchée surtout par un STEC. Les globules rouges sont détruits, les plaquettes chutent et les petits vaisseaux des reins se bouchent, ce qui peut mener à une insuffisance rénale aiguë.

L’OMS, dans sa fiche de 2018, estime que jusqu’à 10 % des patients atteints de STEC peuvent évoluer vers un SHU, avec une létalité alors située entre 3 et 5 %. Ces chiffres sont des observations de long terme. Les données plus récentes de l’ECDC pour 2023 décrivent 522 cas de SHU parmi les STEC notifiés dans l’UE et l’EEE, dont 60 % chez les enfants de 0 à 4 ans et 19 % entre 5 et 14 ans. La létalité globale des STEC avec issue connue était de 0,4 % (32 décès sur 8 247), plus élevée chez les personnes de 60 ans et plus. Ces deux indicateurs ne mesurent pas la même chose. Le 10 % de l’OMS décrit le risque individuel après STEC. Le 0,4 % de l’ECDC décrit les décès parmi les cas déclarés.

Après quelques jours de diarrhée, surtout sanglante, les signes d’alerte du SHU sont une pâleur (joues et paupières inférieures moins roses), une fatigue extrême ou une irritabilité inhabituelle chez l’enfant, des bleus ou un pointillé rouge sur la peau, du sang dans les urines, et surtout une chute du volume d’urines. La Mayo Clinic ajoute un gonflement des jambes, des chevilles ou du visage, une confusion, des convulsions, un accident vasculaire cérébral et une hypertension. L’absence d’urines pendant 12 heures ou plus est une urgence.

Le SHU se traite à l’hôpital, par compensation des liquides et des électrolytes, parfois par transfusion de globules rouges ou de plaquettes, et par dialyse si les reins ne filtrent plus. Avec ces soins de soutien, la plupart des personnes récupèrent, et les enfants s’en sortent en général mieux que les adultes, d’après les CDC. L’OMS (2018) signale toutefois des complications neurologiques (convulsions, accident cérébral, coma) chez environ 25 % des patients en SHU, et des séquelles rénales souvent discrètes chez près de la moitié des survivants. Un suivi néphrologique se discute donc même après la sortie.

Diarrhée à E. coli, quand voir un médecin

Une diarrhée aqueuse brève, sans sang et sans signe de déshydratation, peut se surveiller à la maison avec une hydratation régulière. Du sang dans les selles, une fièvre haute, une diarrhée de plus de deux jours ou des signes de SHU changent la conduite. Il faut alors un médecin, et parfois le 15 ou le 112.

Les CDC (14 mai 2024) dressent une liste précise. Diarrhée ou vomissements au-delà de deux jours, selles ou urines sanglantes, fièvre au-dessus de 102 °F (38,9 °C), signes de déshydratation (urines rares ou très foncées, soif intense, bouche sèche, vertiges, larmes absentes chez l’enfant) et signes de SHU justifient un appel. La Mayo Clinic retient aussi le seuil de deux jours de selles liquides, ou des selles sanglantes. Chez un enfant, on n’attend pas ces délais si les couches restent sèches ou si l’enfant devient irritable, pâle et très fatigué.

En attendant l’examen, on continue de boire si la personne le tolère, on note l’heure des selles et des urines, et on dresse la liste des aliments récents (viande hachée, germes, fromage au lait cru, eau de baignade, contact animal). On n’administre ni antibiotique restant dans l’armoire, ni lopéramide « pour tenir jusqu’au rendez-vous ». Si plusieurs personnes du foyer ou d’une collectivité ont le même tableau, le médecin pourra alerter l’ARS : le diagnostic individuel sert aussi à couper une chaîne alimentaire.

Cystite à E. coli, une infection différente

La même bactérie peut monter dans la vessie et provoquer une cystite, surtout chez la femme. Ce n’est pas la maladie des shigatoxines : ici, les antibiotiques sont souvent le traitement, alors qu’ils sont déconseillés pour un STEC digestif.

Escherichia coli d’origine intestinale gagne l’urètre puis la vessie. Les signes sont des brûlures en urinant, des envies fréquentes et impérieuses, une pesanteur sus-pubienne, des urines troubles ou malodorantes, parfois teintées de sang. Une fièvre, des frissons ou une douleur lombaire orientent plutôt vers une pyélonéphrite et demandent un avis rapide. Plus de 80 % des cystites concernent les femmes, rappelle une synthèse de 2024 dans American Family Physician (Kurotschka, Gágyor et Ebell).

Chez une femme non enceinte, sans sonde, sans anomalie urinaire et sans immunodépression, des symptômes typiques sans pertes vaginales suffisent souvent au diagnostic, d’après cette même revue. Une culture d’urines se discute en cas d’échec, de récidive, d’antécédent de bactérie résistante, de présentation atypique, après 65 ans, et toujours chez l’homme. Les options de première intention citées pour la femme comprennent la nitrofurantoïne pendant cinq jours (100 mg deux fois par jour pour la forme à libération prolongée), la fosfomycine en une prise de 3 g, le triméthoprime ou l’association triméthoprime-sulfaméthoxazole pendant trois jours, et le pivmécillinam 400 mg trois fois par jour pendant trois jours. Plusieurs guides européens et britanniques ne retiennent plus le triméthoprime-sulfaméthoxazole en empirique, en raison de la résistance et d’effets indésirables rares mais graves. En France, le médecin ou le pharmacien applique la recommandation locale ; les schémas nord-américains ne s’y substituent pas.

Chez l’homme fébrile, il faut aussi penser à une prostatite. Un homme sans fièvre avec une infection urinaire basse reçoit un antibiotique, souvent pour sept jours, adapté ensuite à la culture. Une cystite n’est pas une diarrhée à STEC : si les deux tableaux coexistent, le médecin tranchera avant tout antibiotique, parce que traiter « au cas où » un STEC digestif reste déconseillé.

Qui risque une forme plus grave ?

Tout le monde peut rencontrer un STEC, mais l’âge et l’état des défenses changent le risque de SHU et d’hospitalisation. Les CDC ciblent surtout les enfants avant cinq ans, les adultes de 65 ans et plus, les personnes immunodéprimées et les voyageurs.

Un traitement contre le cancer, un greffon, une infection par le VIH ou un médicament qui freine l’immunité réduisent la capacité à limiter la bactérie. La Mayo Clinic ajoute un facteur moins connu, une acidité gastrique abaissée après une chirurgie d’estomac ou sous un inhibiteur de la pompe à protons (oméprazole, ésoméprazole, lansoprazole, pantoprazole). L’acide de l’estomac détruit une partie des bactéries ingérées ; le diminuer peut faciliter le passage.

Les aliments à risque pèsent davantage chez ces personnes. Un hamburger pas assez cuit, un lait ou un jus non pasteurisés, un fromage à pâte molle au lait cru et des graines germées crues reviennent le plus souvent. En Europe, le taux de notification STEC de 2023 était le plus élevé entre 0 et 4 ans (13,7 pour 100 000 chez les garçons, 13,1 chez les filles), puis après 65 ans. La France ne publie pas de taux national dans ce rapport, car la surveillance y repose surtout sur le SHU pédiatrique, avec une couverture estimée à 85 % pour 2016-2017. Un chiffre français unique « d’infections à E. coli » n’existe donc pas dans cette source européenne.

Avoir déjà fait un SHU, ou avoir un apparenté atteint d’une forme atypique liée à un gène du complément, sort du cadre du STEC classique. Ces situations rares relèvent d’un suivi spécialisé ; elles ne changent pas les gestes d’hygiène alimentaire du quotidien.

Prévenir l’infection à la cuisine et au quotidien

Le STEC meurt à la chaleur. La Mayo Clinic demande de cuire la viande hachée à 71 °C à cœur (160 °F), avec un thermomètre, parce que la couleur brune ne prouve pas que le centre est assez chaud. L’OMS retient 70 °C dans toutes les parties de l’aliment.

La pasteurisation du lait, des jus et du cidre élimine E. coli. Un jus en bouteille ou en brique conservé à température ambiante est en général pasteurisé, même si le mot n’apparaît pas toujours. Les fromages au lait cru, les germes crus (luzerne, soja) et les légumes-feuilles mal rincés restent des aliments à haut risque pour les jeunes enfants et les personnes âgées. Rincer sous l’eau courante réduit la charge, sans garantir une disparition totale, surtout dans les replis d’une laitue.

Séparer cru et cuit évite le transfert.

• Une planche et un couteau servent à la viande crue, une autre paire aux légumes prêts à manger.
• L’assiette du steak haché cru ne sert pas ensuite au steak déjà cuit.
• Les ustensiles passent à l’eau chaude savonneuse après chaque contact avec la viande crue.
• Au réfrigérateur, la viande reste en bas, dans un récipient fermé, loin de la salade.

Le lavage des mains au savon, après les toilettes, le change, le contact avec un animal et avant de cuisiner, coupe la transmission humaine. Un enfant qui a la diarrhée ne va pas à la piscine, y compris la pataugeoire du jardin, tant que les selles ne sont pas redevenues normales. En voyage, l’eau de boisson, la glace, le brossage des dents et le lavage des fruits demandent une eau sûre ou traitée. Ces gestes protègent aussi les proches, car l’excrétion dans les selles continue parfois après la fin de la diarrhée, surtout chez l’enfant.

Conclusion

E. coli n’est pas une seule maladie. Une souche commensale de l’intestin ne provoque pas ces symptômes. Une STEC peut, en quelques jours, passer d’une diarrhée sanglante à une urgence rénale. Une E. coli urinaire, elle, se comporte comme une cystite classique, avec un antibiotique adapté. Les chiffres européens de 2023 rappellent que O26 pèse aujourd’hui davantage que O157 dans le SHU typé, et que les enfants de moins de 5 ans restent le groupe le plus notifié.

Face à des crampes brutales et à des selles liquides, le premier réflexe utile est de boire, de compter les urines et de ne pas prendre de lopéramide ni d’antibiotique restant dans la pharmacie. Du sang, une fièvre à 38,9 °C ou plus, deux jours sans amélioration, une pâleur ou des couches trop sèches justifient un médecin le jour même, avec le récit des repas et des contacts animaux. Si les urines s’arrêtent, le 15 ou le 112 est le bon numéro.

Demandez si les selles partiront en culture avec recherche de shigatoxine, et non seulement d’O157. C’est cette question, plus qu’un régime miracle ou un complément, qui oriente les 48 heures suivantes et protège aussi les autres personnes de la maison.

Sources

1. Symptoms of E. coli Infection. Centers for Disease Control and Prevention, 14 mai 2024.
2. Treatment of E. coli Infection. Centers for Disease Control and Prevention, mis à jour en 2024.
3. Information for Clinicians. Centers for Disease Control and Prevention, 14 mai 2024.
4. Technical Information. Centers for Disease Control and Prevention, mis à jour en 2024.
5. Kinds of E. coli. Centers for Disease Control and Prevention, mis à jour en 2024.
6. E. coli – Symptoms and causes. Mayo Clinic, 2 juin 2026.
7. Hemolytic uremic syndrome (HUS) – Symptoms and causes. Mayo Clinic, 12 septembre 2025.
8. E. coli. World Health Organization, 7 février 2018.
9. Imdad A, Nelson JR et al. : Interventions for preventing diarrhoea-associated haemolytic uraemic syndrome. Cochrane Database of Systematic Reviews, 25 avril 2025.
10. Sevilla P, Martínez A et al. : Impact of antibiotic treatment on hemolytic uremic syndrome risk in Escherichia coli O157 infections: a comprehensive systematic review and meta-analysis. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, 30 avril 2025.
11. STEC infection cases – Annual Epidemiological Report for 2023. European Centre for Disease Prevention and Control, 5 juin 2025.
12. Kurotschka PK, Gágyor I et al. : Acute Uncomplicated UTIs in Adults: Rapid Evidence Review. American Family Physician, février 2024.